Aunque el proyecto había sido ya emprendido por San Ignacio de Loyola, los jesuitas llegan al antiguo Virreinato del Perú bajo el gobierno de San Francisco de Borja, tercer Superior General de la Compañía de Jesús. Procedentes de España, los primeros jesuitas desembarcan en el puerto del Callao el 1º de abril de 1568, con la misión de fundar la primera provincia jesuítica en territorio hispanoamericano.
Durante la colonización española los jesuitas concentran sus esfuerzos en la evangelización del Virreinato, abriendo puestos de misión (particularmente en Maynas y Juli), promoviendo la educación de la juventud (a través de colegios y de la Universidad San Ignacio del Cusco) y edificando templos para el cultivo de la fe. Signo de la eficacia apostólica de la antigua Provincia Peruana será la fundación progresiva de nuevas provincias jesuíticas en territorio sudamericano.
De esta época, la historia destaca la labor misionera, intelectual y artística de jesuitas como Blas Valera (cronista y uno de los primeros jesuitas mestizos), José de Acosta (naturalista), Francisco del Castillo (predicador popular), Antonio Ruiz de Montoya (lingüista y promotor de las Reducciones del Paraguay), Bernardo Bitti (pintor manierista) y Juan Pablo Vizcardo y Guzmán (quien sería ideólogo de la independencia americana).
Sin embargo, con la expulsión de la Compañía de los territorios españoles, en 1767, los jesuitas son desterrados súbitamente del Perú y sus obras son expropiadas e incorporadas al patrimonio nacional. Como muestra de ello, la biblioteca del Colegio San Pablo de Lima constituirá la base de la Biblioteca Nacional y la Casa del Noviciado se convertirá con el tiempo en la «Casona» de la Universidad de San Marcos.
La Compañía de Jesús es autorizada a volver al Perú recién en 1871. La misión peruana, que dependerá por mucho tiempo de la provincia de Toledo (España), debía entonces volver a implantar su labor apostólica, esta vez en el Perú republicano. Lo primero sería refundar Colegios, para luego ir ampliando sus actividades pastorales hasta recibir en 1946 la misión papal de asumir la evangelización del nororiente peruano, que hoy constituye el Vicariato San Francisco Javier. En 1968 el Superior General Pedro Arrupe promulga el decreto que vuelve a restablecer la Provincia Peruana, integrándola a la Asistencia de América Latina Meridional.
Bajo el impulso del Concilio Vaticano II y de la definición de la misión de la Compañía al servicio de la fe y la justicia, emerge entre los jesuitas peruanos una rica variedad de obras apostólicas, dedicadas fundamentalmente a la promoción espiritual y humana de las poblaciones más pobres. Estas iniciativas no solo han dinamizado la vida de la Provincia, sino que la han convertido en compañera de camino del pueblo peruano en su itinerario hacia la justicia y la paz anunciadas por Cristo.
Actualmente, la provincia peruana cuenta con más de 170 jesuitas, la mayoría de ellos nacidos en el país. Pero integran también la Provincia jesuitas de origen español, norteamericano y francés. Todos comprometidos, desde la riqueza de su identidad personal, con una misión común: la encarnación de los valores del Evangelio en el Perú de hoy.
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